Poprvé se basketbal ve Zlíně hrál roku 1941. Šlo sice původně o zpestření zimní přípravy sportovců, nicméně byl založen i basketbalový klub, jehož prvním předsedou se stal Otakar Klos. Na konci 40. a začátku 50. let začaly hrát košíkovou i ženy, které později dosáhly největších klubových úspěchů. Na přelomu 60. a 70. let hrály pod hlavičkou TJ Gottwaldov I. ligu. Trenérem týmu složeného hlavně z domácích hráček byl Miroslav Štarha. Muži hráli zatím nejvýše II. ligu, nejúspěšnějšími trenéry jsou Karel Vilím a Otto Procházka. Ten dotáhl svůj tým v roce 1985 až na třetí místo II. ligy. V roce 1990 vznikl samostatný SKB (Sportovní klub basketbalu) Zlín.

Hlavním cílem SKB PROTON Zlín je rozvoj mládežnického basketbalu. Klub má velmi širokou hráčskou základu a po získání tréninkových prostor se jeho chod postupně profesionalizuje.

V historii klub vychoval řadu reprezentantů, vzpomeňme zejména jednu z nejlepších basketbalistek české historie Irmu Valovou, v mužích to byli Karel Jajtner nebo Roman Krämer (bývalý dlouholetý kapitán reprezentace Slovenska a poté opět hráč SKB). Aktivními odchovanci jsou hráči Mattoni NBL Jan Pavlík a Daniel Gajdošík.

V sezóně 2003/2004 se muži SKB Zlín poprvé od konce 80. let znovu probojovali do druhé ligy. V sezóně 2005/2006 tým vedený doc. Ivanem Trnovským dosáhl na zatím nejlepší umístění klubu - finále play-off a konečné 2. místo ve II. lize.

Umístění mužů "A" ve II. lize (od sezóny 2007/2008 "I. liga"):

2004/2005 - čtvrtfinále play-off (trenérem Mgr. Štěpán Válek)
2005/2006 - 2. místo (doc. PaeDr. Ivan Trnovský)
2006/2007 - semifinále play-off (Željko Živkovič)
2007/2008 - 10. místo (Mgr. David Vyplel)